El análisis palinológico de Labeko Koba se ha visto fuertemente condicionado por la mala conservación de palinomorfos en la mayor parte de la secuencia. El análisis de tres columnas correlativas (cerca de cuatro menos de potencia) ha debido completarse con muestras aisladas procedentes de coprolitos de hiena y restos óseos sellados. Las muestras consideradas representativas revelan que la secuencia arranca en el subnivel IX inferior (castelperroniense) con la presencia de elementos mesotermófilos (entre ellos, Castanea) atribuidos al interestadio würmiense. Con la única excepción del techo de nivel VII (que vuelve a presentar componentes termomesófilos, incluido Castanea), el resto de la secuencia estratigráfica presenta espectros botánicos caracteristicamente estadiales. En este sentido destaca la baja representación de taxones arbóreos y el nivel de presencia de Ephedra en el tramo superior del nivel IX. No se han podido obtener conclusiones de los niveles IV y superiores, debido a los señalados problemas tafonómicos.