El río Negro alberga una metapoblación de la náyade Margaritifera margaritifera L. 1758 que no es demográficamente funcional. Su estructura poblacional está desequilibrada hacia tallas muy grandes y no se han detectado juveniles en más de una década de estudio. En el río existen graves problemas de conservación derivados del aterramiento, extensibles a la trucha Salmo trutta L. 1758, único hospedador de sus larvas. Entre 2002 y 2009 sucedieron de forma consecutiva graves riadas y la mayor sequía registrada en la cuenca. La mayor avenida en 100 años del año 2006 produjo el movimiento de gran parte de la población de náyades, con un impacto mortal que según tramos afectó entre el 5 y el 34% de los efectivos. Se comprobó una mortandad diferencial en relación con la topografía local y composición granulométrica del lecho, pero independiente de la densidad y la talla de los individuos. La sequía afectó al tercio final del cauce y supuso la pérdida del 37% de ejemplares del tramo. La aplicación de modelos poblacionales permite estimar que estos eventos estocásticos agravan significativamente el proceso de extinción, anticipando el presumible colapso demográfico teóricamente esperable para 2027-2032, provocado por la actuación continuada del resto de problemas. La aplicación de un plan de restauración del cauce, enfocado a las náyades y sus hospedadores, así como el rescate de adultos tras los eventos extremos, su asentamiento temporal en zonas favorables y la propagación de la especie sobre alevines de trucha son medidas urgentes que deberían desarrollarse antes de poder afrontar un programa de cría en cautividad que evite la extinción de la especie en la Cuenca del Duero.